民國89年，調整組織架構，原建設局更名為工務局（土木課、建築管理課、水利課、使用管理課、下水道課），另將部分職掌業務移交新成立的「觀光及城鄉發展局」。
民國90年，增設「河川管理課」。
民國92年，新設「公共工程課」，原建築管理課及使用管理課合併為「建築管理課」並移至城鄉發展局。
民國96年，增設「深層海水課」。
民國97年，縣政府各局、室更名為「處」，各課更名為「科」。工務處之「河川管理科」合併至「水利科」。
民國100年1月1日，原工務處更名「建設處」，設７科，由原工務處４科（土木科、水利科、下水道科、公共工程科）及原城鄉發展處3科（都市計畫科、工商科、建築管理科）移撥，「深層海水科」併入水利科。
民國100年3月1日，下水道科更名為「城鄉環境工程科」。
民國103年，財政及經濟發展處增設「產業發展科」，移入「建設處工商科」，並更名為「工商管理科」。
民國107年，增設「新建工程科」。
目前，本處設置處長1名、副處長1名、技正1名與專員1名及土木、水利、城鄉環境工程、公共工程、都市計畫、建築管理、新建工程等七科編制科長7名、技士29名、技佐11名、科員2名、辦事員3名共計56名。
